論文（英文）

Article

  1. Harvey K. Kamboyi, Atmika Paudel, Misheck Shawa, Misa Sugawara, Tuvshinzaya Zorigt, Joseph Y. Chizimu, Tomoe Kitao, Yoshikazu Furuta, Bernard M. Hang’ombe, Musso Munyeme, Hideaki Higashi.
    EsxA, a type VII secretion system-dependent effector, reveals a novel function in the sporulation of Bacillus cereus ATCC14579.
    BMC Microbiol., 24(1): 351 (2024). [PubMed][Journal]

  2. Tuvshinzaya Zorigt, Yoshikazu Furuta, Atmika Paudel, Harvey Kakoma Kamboyi, Misheck Shawa, Mungunsar Chuluun, Misa Sugawara, Nyamdorj Enkhtsetseg, Jargalsaikhan Enkhtuya, Badgar Battsetseg, Musso Munyeme, Bernard M. Hang’ombe, Hideaki Higashi.
    Pan-genome analysis reveals novel chromosomal markers for multiplex PCR-based specific detection of Bacillus anthracis.
    BMC Infect. Dis., 24(1): 942 (2024). [PubMed][Journal]

  3. Misheck Shawa, Atmika Paudel, Herman Chambaro, Harvey Kamboyi, Ruth Nakazwe, Luke Alutuli, Tuvshinzaya Zorigt, Taona Sinyawa, Mulemba Samutela, Joseph Chizimu, Manyando Simbotwe, Kyoko Hayashida, Naganori Nao, Masahiro Kajihara, Yoshikazu Furuta, Yasuhiko Suzuki, Hirofumi Sawa, Bernard Hang’ombe, Hideaki Higashi.
    Trends, patterns and relationship of antimicrobial use and resistance in bacterial isolates tested between 2015–2020 in a national referral hospital of Zambia.
    PLoS ONE, 19(4): e0302053 (2024). [PubMed][Journal]

  4. Fumihito Miura, Miki Miura, Yukiko Shibata, Yoshikazu Furuta, Keisuke Miyamura, Yuki Ino, Asmaa M.A. Bayoumi, Utako Oba, Takashi Ito.
    Identification, expression, and purification of DNA cytosine 5-methyltransferases with short recognition sequences.
    BMC Biotechnol., 22, 33 (2022). [PubMed][Journal][bioRxiv]

  5. Ryoya Tsujikawa, Jeewan Thapa, Torahiko Okubo, Shinji Nakamura, Saicheng Zhang, Yoshikazu Furuta, Hideaki Higashi, Hiroyuki Yamaguchi .
    Chlamydia trachomatis L2/434/Bu favors hypoxia for its growth in human lymphoid Jurkat cells while maintaining production of proinflammatory cytokines.
    Curr. Microbiol., 79(9):265 (2022). [PubMed][Journal]

  6. Jeewan Thapa, Gen Yoshiiri, Koki Ito, Torahiko Okubo, Shinji Nakamura, Yoshikazu Furuta, Hideaki Higashi, Hiroyuki Yamaguchi.
    Chlamydia trachomatis requires functional host-cell mitochondria and NADPH oxidase 4/p38MAPK signaling for growth in normoxia.
    Front. Cell. Infect. Microbiol., 12:902492 (2022). [PubMed][Journal]

  7. Ken Natsuga, Yoshikazu Furuta, Shota Takashima, Takuma Nohara, Hsin-Yu Huang, Satoru Shinkuma, Hideki Nakamura, Yousuke Katsuda, Hideaki Higashi, Chao-Kai Hsu, Satoshi Fukushima, Hideyuki Ujiie.
    Cas9-guided haplotyping of three truncation variants in autosomal recessive disease.
    Human Mutat., 43(7): 877-881 (2022). [PubMed][Journal]

  8. Yoshikazu Furuta*, Fumihito Miura, Takahiro Ichise, Shouta M M Nakayama, Yoshinori Ikenaka, Tuvshinzaya Zorigt, Mai Tsujinouchi, Mayumi Ishizuka, Takashi Ito, Hideaki Higashi. (*: Corresponding author)
    A GCDGC-specific DNA (cytosine-5) methyltransferase that methylates the GCWGC sequence on both strands and the GCSGC sequence on one strand.
    PLoS ONE, 17(3): e0265225 (2022). [PubMed][Journal]

  9. Yoshikazu Furuta*, Mai Tsujinouchi, Misheck Shawa, Tuvshinzaya Zorigt, Yuya Miyajima, Atmika Paudel, Satowa Suzuki, Hideaki Higashi. (*: Corresponding author)
    Complete genome sequences of 24 strains of Bacillus cereus isolated from nosocomial infection and bacteremia cases in Japan.
    Microbiol. Resour. Announc., Online ahead of print (2022). [PubMed][Journal]

  10. Ken Natsuga*, Yoshikazu Furuta*, Shota Takashima, Takuma Nohara, Hideyuki Kosumi, Yosuke Mai, Hideaki Higashi, Hideyuki Ujiie. (*: Co-first and Co-corresponding)
    Detection of revertant mosaicism in epidermolysis bullosa through Cas9-targeted long-read sequencing.
    Human Mutat., 43(4): 529-536 (2022). [PubMed][Journal]

  11. Misheck Shawa, Yoshikazu Furuta, Atmika Paudel, O'Brian Kabunda, Evans Mulenga, Maron Mubanga, Harvey Kamboyi, Tuvshinzaya Zorigt, Herman Chambaro, Manyando Simbotwe, Bernard Hang'ombe, Hideaki Higashi.
    Clonal relationship between multidrug-resistant Escherichia coli ST69 from poultry and humans in Lusaka, Zambia.
    FEMS Microbiol Lett., 368(21-24): fnac004 (2022). [PubMed][Journal]

  12. Michael A. Lobritz, Ian W. Andrews, Dana Braff, Caroline B.M. Porter, Arnaud Gutierrez, Yoshikazu Furuta, Louis B.G. Cortes, Thomas Ferrante, Sarah C. Bening, Felix Wong, Charley Gruber, Christopher W. Bakerlee, Guillaume Lambert, Graham C. Walker, Daniel J. Dwyer, James J. Collins.
    Increased energy demand from anabolic-catabolic processes drives β-lactam antibiotic lethality.
    Cell Chem. Biol., 29(2): 276-286.e4 (2022). [PubMed][Journal]

  13. Tuvshinzaya Zorigt, Satoshi Ito, Norikazu Isoda, Yoshikazu Furuta, Misheck Shawa, Natsagdorj Norov, Baasansuren Lkham, Jargalsaikhan Enkhtuya, Hideaki Higashi.
    Risk factors and spatio-temporal patterns of livestock anthrax in Khuvsgul Province, Mongolia.
    PLoS ONE, 16(11): e0260299 (2021). [PubMed][Journal]

  14. Tuvshinzaya Zorigt, Yoshikazu Furuta, Manyando Simbotwe, Akihiro Ochi, Mai Tsujinouchi, Misheck Shawa, Tomoko Shimizu, Norikazu Isoda, Jargalsaikhan Enkhtuya, Hideaki Higashi.
    Development of ELISA based on Bacillus anthracis capsule biosynthesis protein CapA for naturally acquired antibodies against anthrax.
    PLoS ONE, 16(10): e0258317 (2021). [PubMed][Journal]

  15. Yoshikazu Furuta*, Cheng Cheng, Tuvshinzaya Zorigt, Atmika Paudel, Shun Izumi, Mai Tsujinouchi, Tomoko Shimizu, Wim G. Meijer, Hideaki Higashi. (*: Corresponding author)
    Direct regulons of AtxA, the master virulence regulator of Bacillus anthracis.
    mSystems, 6(4): e00291-21 (2021). [PubMed][Journal]

  16. Atmika Paudel, Yoshikazu Furuta, Hideaki Higashi.
    Silkworm model for Bacillus anthracis infection and virulence determination.
    Virulence, 12(1): 2285-2295 (2021). [PubMed][Journal]

  17. Misheck Shawa, Yoshikazu Furuta, Gillan Mulenga, Maron Mubanga, Evans Mulenga, Tuvshinzaya Zorigt, Christone Kaile, Manyando Simbotwe, Atmika Paudel, Bernard Hang'ombe, Hideaki Higashi.
    Novel chromosomal insertions of ISEcp1-blaCTX-M-15 and diverse antimicrobial resistance genes in Zambian clinical isolates of Enterobacter cloacae and Escherichia coli.
    Antimicrob. Resist. Infect. Control, 10(1): 79 (2021). [PubMed][Journal]

  18. Miho Okude, Junji Matsuo, Tomohiro Yamazaki, Kentaro Saito, Yoshikazu Furuta, Shinji Nakamura, Jeewan Thapa, Torahiko Okubo, Hideaki Higashi, Hiroyuki Yamaguchi.
    Distribution of amoebal endosymbiotic environmental chlamydia Neochlamydia S13 via amoebal cytokinesis.
    Microbiol. Immunol., 65(3): 115-124 (2021). [PubMed][Journal]

  19. Hirokazu Yano, Md. Zobaidul Alam, Emiko Rimbara, Tomoko F. Shibata, Masaki Fukuyo, Yoshikazu Furuta, Tomoaki Nishiyama, Shuji Shigenobu, Mitsuyasu Hasebe, Atsushi Toyoda, Yutaka Suzuki, Sumio Sugano, Keigo Shibayama, Ichizo Kobayashi.
    Networking and Specificity-Changing DNA Methyltransferases in Helicobacter pylori.
    Front. Microbiol., 11: 1628 (2020). [PubMed][Journal]

  20. Yoshihiko Suzuki, Suguru Nishijima, Yoshikazu Furuta, Jun Yoshimura, Wataru Suda, Kenshiro Oshima, Masahira Hattori, Shinichi Morishita.
    Long-read metagenomic exploration of extrachromosomal mobile genetic elements in the human gut.
    Microbiome, 7: 119 (2019). [PubMed][Journal]

  21. Manyando Simbotwe, Evans Mulenga, Yoshikazu Furuta, Geoffrey Munkombwe Muuka, Bernard Mudenda Hang'ombe, Hideaki Higashi.
    Geographic distribution of cattle anthrax in Western Zambia.
    Jpn. J. Vet. Res., 67(2): 195-202 (2019). [Journal]

  22. Reiko Akamatsu, Masato Suzuki, Keiji Okinaka, Teppei Sasahara, Kunikazu Yamane, Satowa Suzuki, Daisuke Fujikura, Yoshikazu Furuta, Naomi Ohnishi, Minoru Esaki, Keigo Shibayama, Hideaki Higashi.
    Novel sequence type in Bacillus cereus strains associated with nosocomial infections and bacteremia, Japan.
    Emerg. Infect. Dis., 25(5): 883-890 (2019). [PubMed][Journal]

  23. Kochi Toyomane, Yoshikazu Furuta, Daisuke Fujikura, Hideaki Higashi.
    Upstream sequence-dependent suppression and AtxA-dependent activation of protective antigens in Bacillus anthracis.
    Peer J, e6718 (2019). [PubMed][Journal]

  24. Cynthia Zaman, Takako Osaki, Yoshikazu Furuta, Fuhito Hojo, Hideo Yonezawa, Mutsuko Konno, Satoshi Kurata, Tomoko Hanawa, Shigeru Kamiya.
    Enhanced infectivity of strains of Helicobacter pylori isolated from children compared with parental strains.
    J. Med. Microbiol., 68: 633-641 (2019). [PubMed][Journal]

  25. Yoshikazu Furuta, Hayato Harima, Emiko Ito, Fumito Maruyama, Naomi Ohnishi, Ken Osaki, Hirohito Ogawa, David Squarre, Bernard Mudenda Hang'ombe, Hideaki Higashi.
    Loss of bacitracin resistance due to a large genomic deletion among Bacillus anthracis strains.
    mSystems, 3(5): e00182-18 (2018). [PubMed][Journal]

  26. Manyando Simbotwe, Daisuke Fujikura, Miyuki Ohnuma, Ryosuke Omori, Yoshikazu Furuta, Geoffrey M. Muuka, Bernard M. Hang’ombe, Hideaki Higashi.
    Development and application of a Bacillus anthracis protective antigen domain-1 in-house ELISA for the detection of anti-protective antigen antibodies in cattle in Zambia.
    PLoS ONE, 13(10): e0205986 (2018). [PubMed][Journal]

  27. Melissa Takahashi, Xiao Tan, Aaron J. Dy, Dana Braff, Reid T. Akana, Yoshikazu Furuta, Nina Donghia, Ashwin Ananthakrishnan, James J. Collins.
    A low-cost paper-based synthetic biology platform for analyzing gut microbiota and host biomarkers.
    Nat. Commun., 9: 3347 (2018). [PubMed][Journal]

  28. Noriko Takahashi, Charley C. Gruber, Jason H. Yang, Xiaobo Liu, Dana Braff, Chittampalli Yashaswini, Sakkarin Bhubhanil, Yoshikazu Furuta, Silvana Andreescu, James J. Collins, Graham C. Walker.
    Lethality of MalE-LacZ hybrid protein shares mechanistic attributes with oxidative component of antibiotic lethality.
    Proc. Nat. Acad. Sci. USA, 114(34): 9164-9169 (2017). [PubMed][Journal]

  29. Yingbiao Zhang, Tomoyuki Matsuzaka, Hirokazu Yano, Yoshikazu Furuta, Toshiaki Nakano, Ken Ishikawa, Masaki Fukuyo, Noriko Takahashi, Yutaka Suzuki, Sumio Sugano, Hiroshi Ide, Ichizo Kobayashi.
    Restriction glycosylases: involvement of endonuclease activities in the restriction process.
    Nucleic Acids Res., 45(3): 1392-1403 (2017). [PubMed][Journal]

  30. Keith Pardee, Shimyn Slomovic, Peter Q. Nguyen, Jeong Wook Lee, Nina Donghia, Devin Burrill, Tom Ferrante, Fern R. McSorley, Yoshikazu Furuta, Andyna Vernet, Michael Lewandowski, Christopher N. Boddy, Neel S. Joshi, James J. Collins.
    Portable, On-Demand Biomolecular Manufacturing.
    Cell, 167(1): 248-259, e12 (2016). [PubMed][Journal]

  31. Kenji K. Kojima*, Yoshikazu Furuta*, Koji Yahara, Masaki Fukuyo, Yuh Shiwa, Shin Nishiumi, Masaru Yoshida, Takeshi Azuma, Hirofumi Yoshikawa, Ichizo Kobayashi. (*: Co-first)
    Population evolution of Helicobacter pylori through diversification in DNA methylation and interstrain sequence homogenization.
    Mol. Biol. Evol., 33(11): 2848-2859 (2016). [PubMed][Journal]

  32. Koji Yahara, Yoshikazu Furuta, Shinpei Morimoto, Chie Kikutake, Sho Komukai, Dorota Matelska, Stanisław Dunin-Horkawicz, Janusz M. Bujnicki, Ikuo Uchiyama, Ichizo Kobayashi.
    Genome-wide survey of codons under diversifying selection in a highly recombining bacterial species, Helicobacter pylori.
    DNA Research, 23(2): 135-143 (2016). [PubMed][Journal]

  33. Yoshikazu Furuta, Mutsuko Konno, Takako Osaki, Hideo Yonezawa, Taichiro Ishige, Misaki Imai, Yuh Shiwa, Mari Shibata-Hatta, Yu Kanesaki, Hirofumi Yoshikawa, Shigeru Kamiya, Ichizo Kobayashi.
    Microevolution of Virulence-Related Genes in Helicobacter pylori Familial Infection.
    PLoS ONE, 10(5): e0127197 (2015). [PubMed][Journal]

  34. Masaki Fukuyo, Toshiaki Nakano, Yingbiao Zhang, Yoshikazu Furuta, Ken Ishikawa, Miki Watanabe-Matsui, Hirokazu Yano, Takeshi Hamakawa, Hiroshi Ide, Ichizo Kobayashi.
    Restriction-modification system with methyl-inhibited base excision and abasic-site cleavage activities.
    Nucleic Acids Res., 43(5): 2841-2852 (2015). [PubMed][Journal]

  35. Yoshikazu Furuta, Hiroe Namba-Fukuyo, Tomoko F. Shibata, Tomoaki Nishiyama, Shuji Shigenobu, Yutaka Suzuki, Sumio Sugano, Mitsuyasu Hasebe, Ichizo Kobayashi.
    Methylome diversification through changes in DNA methyltransferase sequence specificity.
    PLoS Genet., 10(4): e1004272 (2014). [PubMed][Journal]

  36. Ken-ichi Miyazono, Yoshikazu Furuta, Miki Watanabe-Matsui, Takuya Miyakawa, Tomoko Ito, Ichizo Kobayashi, Masaru Tanokura.
    A sequence-specific DNA glycosylase mediates restriction-modification in Pyrococcus abyssi.
    Nat. Commun., 5: 3178 (2014). [PubMed][Journal]

  37. Koji Yahara, Yoshikazu Furuta, Kenshiro Oshima, Masaru Yoshida, Takeshi Azuma, Masahira Hattori, Ikuo Uchiyama, Ichizo Kobayashi.
    Chromosome painting in silico in a bacterial species reveals fine population structure.
    Mol. Biol. Evol., 30(6): 1454-1464 (2013). [PubMed][Journal]

  38. Yoshikazu Furuta, Ichizo Kobayashi.
    Movement of DNA sequence recognition domains between non-orthologous proteins.
    Nucleic Acids Res., 40(18): 9218-9232 (2012). [PubMed][Journal]

  39. Koji Yahara, Mikihiko Kawai, Yoshikazu Furuta, Noriko Takahashi, Naofumi Handa, Takeshi Tsuru, Kenshiro Oshima, Masaru Yoshida, Takeshi Azuma, Masahira Hattori, Ikuo Uchiyama, Ichizo Kobayashi.
    Genome-wide survey of mutual homologous recombination in a highly sexual bacterial species.
    Genome Biol. Evol., 4(5): 628-640 (2012). [PubMed][Journal]

  40. Kyungtaek Lim, Yoshikazu Furuta, Ichizo Kobayashi.
    Large variations in bacterial ribosomal RNA genes.
    Mol. Biol. Evol., 29(10): 2937-2948 (2012). [PubMed][Journal]

  41. Yoshikazu Furuta, Koji Yahara, Masanori Hatakeyama, Ichizo Kobayashi.
    Evolution of cagA oncogene of Helicobacter pylori through recombination.
    PLoS ONE, 6(8): e23499 (2011). [PubMed][Journal]

  42. Mikihiko Kawai, Yoshikazu Furuta, Koji Yahara, Takeshi Tsuru, Kenshiro Oshima, Naofumi Handa, Noriko Takahashi, Masaru Yoshida, Takeshi Azuma, Masahira Hattori, Ikuo Uchiyama, Ichizo Kobayashi.
    Evolution in an oncogenic bacterial species with extreme genome plasticity: Helicobacter pylori East Asian genomes.
    BMC Microbiol., 11: 104 (2011). [PubMed][Journal]

  43. Yoshikazu Furuta, Mikihiko Kawai, Ikuo Uchiyama, Ichizo Kobayashi.
    Domain movement within a gene: a novel evolutionary mechanism for protein diversification.
    PLoS ONE, 6(4): e18819 (2011). [PubMed][Journal]

  44. Yoshikazu Furuta*, Mikihiko Kawai*, Koji Yahara, Noriko Takahashi, Naofumi Handa, Takeshi Tsuru, Kenshiro Oshima, Masaru Yoshida, Takeshi Azuma, Masahira Hattori, Ikuo Uchiyama, Ichizo Kobayashi. (*: Co-first)
    Birth and death of genes linked to chromosomal inversion.
    Proc. Nat. Acad. Sci. USA, 108: 1501-1506 (2011). [PubMed][Journal]
    Picked up in Research Highlights, Nature, 469: 135 (2011).

  45. Feroz Khan, Yoshikazu Furuta, Mikihiko Kawai, Katarzyna Kaminska, Ken Ishikawa, Janusz Bujnicki, Ichizo Kobayashi.
    A putative mobile genetic element carrying a novel Type IIF restriction-modification system (PluTI).
    Nucleic Acids Res., 38: 3019-3030 (2010). [PubMed][Journal]

  46. Yoshikazu Furuta, Kentaro Abe, Ichizo Kobayashi.
    Genome comparison and context analysis reveals putative mobile forms of restriction-modification systems and related rearrangements.
    Nucleic Acids Res., 38: 2428-2443 (2010). [PubMed][Journal]

Review, Methods, Commentary

  1. Yoshikazu Furuta.
    Detection of DNA Modification Using Nanopore Sequencers.
    In: Arakawa, K. (eds). Nanopore Sequencing.. Methods in Molecular Biology, vol 2632, Humana, New York, NY, 79-90 (2023). [Book]

  2. Yoshikazu Furuta, Ichizo Kobayashi.
    Restriction-modification systems as mobile epigenetic elements.
    In: Adam Roberts and Peter Mullany editors. Bacterial Integrative Mobile Genetic Elements. Landes Bioscience, 85-103 (2013). [NCBI bookshelf]

  3. Yoshikazu Furuta, Ichizo Kobayashi.
    Mobility of DNA sequence recognition domains in DNA methyltransferases suggests epigenetics-driven adaptive evolution.
    Mobile Genetic Elements, 2: 292-296 (2012). [PubMed][Journal]

For English publications, see also My Citations (Google Scholar)



論文（和文）

  1. 古田芳一
    核酸の塩基修飾解析
    ロングリードWET&DRY解析ガイド　シークエンスをもっと自由に！、実験医学別冊　最強のステップUPシリーズ, 113-129 (2021)

  2. 古田芳一
    バクテリアの修飾塩基
    生物工学会誌、Vol.98, No.8: 439 (2020)

  3. 古田芳一
    ピロリ菌のゲノム・エピゲノムの多様性。
    日本細菌学雑誌、Vol.70, No.4: 383-389 (2015)

  4. 古田芳一、小林一三
    タンパク質のドメイン間での配列の移動(DoMo):新しい遺伝子多様化機構とエピゲノム単位の進化。
    細胞工学、Vol.31, No.4: 474-479 (2012)

  5. 古田芳一
    cagA 発癌遺伝子の構造多様性と進化。
    細胞工学、Vol.31, No.3: 364-369 (2012)

  6. 古田芳一、河合幹彦、内山郁夫、小林一三
    ピロリ菌エピジェネティックス遺伝子の東西比較から発見された「遺伝子内ドメイン移動によるタンパク多様化」。
    日本ヘリコバクター学会誌、Vol.13, No.2: 36-39 (2012)

  7. 小林一三、古田芳一、河合幹彦
    遺伝子の誕生と崩壊の新しい仕組み：逆位を伴う重複。
    細胞工学、Vol.31, No.1: 90-97 (2011)

  8. 小林一三、河合幹彦、矢原耕史、古田芳一、鶴剛史、高橋規子、半田直史、吉田優、大島健志朗、内山郁夫、東健、服部正平
    日本分離ピロリ菌４株の全ゲノム解読と種内比較解析についてのプログレス・レポート。
    日本ヘリコバクター学会誌、Vol.11, No.2: 31-38 (2010)


学会発表

国際学会

  1. Yoshikazu Furuta, Cheng Cheng, Tuvshinzaya Zorigt, Atmika Paudel, Shun Izumi, Mai Tsujinouchi, Tomoko Shimizu, Wim G Meijer, Hideaki Higashi
    Direct regulons of AtxA, the master virulence regulator of Bacillus anthracis.
    The 19th Awaji International Forum on Infection and Immunity, S3-4, September 28th 2021, Sapporo (Online), Japan (oral)

  2. Yoshikazu Furuta, Hayato Harima, Emiko Ito, Fumito Maruyama, Naomi Ohnishi, Ken Osaki, Hirohito Ogawa, David Squarre, Bernard Mudenda Hang'ombe, Hideaki Higashi
    Large genomic deletion conferring bacitracin susceptibility on Bacillus anthracis.
    ASM Microbe 2019, EEB-478, June 21st 2019, San Francisco, USA (poster)

  3. Yoshikazu Furuta, Hayato Harima, Emiko Ito, Fumito Maruyama, Naomi Ohnishi, Ken Osaki, Hirohito Ogawa, David Squarre, Bernard Mudenda Hang'ombe, Hideaki Higashi
    Large genomic deletion conferring bacitracin susceptibility on Bacillus anthracis.
    The 17th Awaji International Forum on Infection and Immunity, P-34, September 6th 2018, Hyogo, Japan (poster)

  4. Yoshikazu Furuta
    Diversity of bacterial epigenome and its contribution to evolution.
    The 12th International Workshop on Advanced Genomics, June 27th 2017, Tokyo, Japan (oral (invited))

  5. Yoshikazu Furuta, Ichizo Kobayashi
    Epigenome evolution—Two mechanisms in alteration of DNA sequence recognition domains in restriction-modification systems.
    Bacteria, Archaea & Phages, 141, August 24th 2012, Cold Spring Harbor, New York, US (oral)

  6. Yoshikazu Furuta, Mikihiko Kawai, Koji Yahara, Takeshi Tsuru, Noriko Takahashi, Naofumi Handa, Kenshiro Oshima, Masahira Hattori, Masaru Yoshida, Takeshi Azuma, Ikuo Uchiyama, Ichizo Kobayashi
    Novel genome rearrangement mechanisms detected by Helicobacter pylori genome comparison.
    International Union of Microbiological Societies 2011 Congress, BR30-3, September 9th 2011, Sapporo, Japan (oral (invited) and poster)

  7. Yoshikazu Furuta, Koji Yahara, Masanori Hatakeyama, Ichizo Kobayashi.
    Evolution of cagA oncogene of Helicobacter pylori through recombination: analysis of all known cagA variants at the DNA sequence level with the single nucleotide resolution.
    16th International Workshop on Campylobacter, Helicobacter, and Related Organisms, A121, August 29th 2011, Vancouver, Canada (poster)

  8. Yoshikazu Furuta, Mikihiko Kawai, Koji Yahara, Takeshi Tsuru, Noriko Takahashi, Naofumi Handa, Kenshiro Oshima, Masahira Hattori, Masaru Yoshida, Takeshi Azuma, Ikuo Uchiyama, Ichizo Kobayashi
    Novel genome rearrangement mechanisms detected by H. pylori genome comparison.
    Annual Meeting of the Society for Molecular Biology and Evolution 2011, 84, July 28th 2011, Kyoto, Japan (poster)

  9. Yoshikazu Furuta, Mikihiko Kawai, Koji Yahara, Takeshi Tsuru, Noriko Takahashi, Naofumi Handa, Kenshiro Oshima, Masahira Hattori, Masaru Yoshida, Takeshi Azuma, Ikuo Uchiyama, Ichizo Kobayashi
    Genome rearrangements revealed through comparison of four complete genomes of Japanese Helicobacter pylori.
    XXIIIrd International Workshop on Helicobacter and related bacteria in chronic digestive inflammation and gastric cancer, W7.2, September 18th 2010, Rotterdam, The Netherlands (oral)

  10. Yoshikazu Furuta, Mikihiko Kawai, Koji Yahara, Takeshi Tsuru, Noriko Takahashi, Naofumi Handa, Kenshiro Oshima, Masahira Hattori, Masaru Yoshida, Takeshi Azuma, Ikuo Uchiyama, Ichizo Kobayashi
    Comparison of four complete genomes of Japanese Helicobacter pylori: Genome rearrangements and genomic islands.
    Infectious Disease Genomics & Global Health 2010, 32, September 13th 2010, Hinxton, UK (poster)


国内学会

  1. 古田芳一、Cheng Cheng、東秀明
    炭疽菌の転写因子AtxAの標的遺伝子の探索
    第15回日本ゲノム微生物学会年会、P-14D、オンライン、2021年3月5日、ポスター発表

  2. 古田芳一、Cheng Cheng、東秀明
    Cappable-seqを用いた網羅的転写開始点解析による炭疽菌転写因子AtxAの結合部位解析
    第93回日本細菌学会総会、P2-092、名古屋、2020年2月20日、ポスター発表

  3. 古田芳一、播磨勇人、伊藤絵美子、丸山史人、大⻄なおみ、大崎研、小川寛人、David Squarre、Bernard M. Hang'ombe、東秀明
    長鎖型シークエンサーを用いた炭疽菌のゲノム欠失およびDNAメチル化の解析
    第92回日本細菌学会総会、WS04-04、北海道、2019年4月24日、口頭発表

  4. 古田芳一、大⻄なおみ、丸山史人、大崎研、David Squarre、Mudenda B. Hang'ombe、東秀明
    炭疽菌ザンビア分離株の系統分布とゲノム構造
    第91回日本細菌学会総会、WS1-6、福岡、2018年3月27日、口頭発表

  5. 古田芳一、大⻄なおみ、丸山史人、大崎研、David Squarre、Bernard M. Hang'ombe、東秀明
    炭疽菌ザンビア分離株の系統分布とゲノム構造
    第12回日本ゲノム微生物学会年会、1O1-04、京都、2018年3月5日、口頭発表

  6. 古田芳一
    PacBioを用いたバクテリアのメチローム解析
    環境微生物系学会合同大会2017、S-025、宮城、2017年8月31日、口頭発表（招待講演）

  7. 古田芳一、小島健司、矢原耕史、福世真樹、志波優、西海信、吉田優、東健、吉川博文、小林一三
    ピロリ菌におけるゲノムとエピゲノムの独立な進化
    第90回日本細菌学会総会、P-219、宮城、2017年3月19日、ポスター発表

  8. 古田芳一、大崎敬子、米沢英雄、神谷茂、小林一三
    ピロリ菌の家族内感染におけるゲノム進化
    第88回日本細菌学会総会、P1-180、岐阜、2015年3月26日、ポスター発表

  9. 古田芳一、小林一三
    Methylome diversification through changes in the sequence specificity of DNA methyltransferases
    第87回日本細菌学会総会、P2-171、東京、2014年3月28日、ポスター発表

  10. 古田芳一、南波宏枝、柴田朋子、西山智明、重信秀治、鈴木穣、菅野純夫、長谷部光泰、小林一三
    PacBio RSを用いたピロリ菌メチロームの種内比較解析
    第8回日本ゲノム微生物学会年会、1P-019、東京、2014年3月8日、ポスター発表

  11. 古田芳一、南波宏枝、柴田朋子、西山智明、重信秀治、鈴木穣、菅野純夫、長谷部光泰、小林一三
    DNAメチル化系の認識配列変換によるメチローム多様化：種内複数株でのメチローム解読からの証拠
    第36回日本分子生物学会年会、3P-0034、兵庫、2013年12月5日、ポスター発表

  12. 古田芳一、南波宏枝、柴田朋子、西山智明、重信秀治、鈴木穣、菅野純夫、長谷部光泰、小林一三
    一分子リアルタイム(SMRT)シークエンシングによるメチローム解読と「エピジェネティクス駆動進化」仮説
    日本遺伝学会第85回大会、WS9-1、神奈川、2013年9月21日、口頭発表

  13. 古田芳一、南波宏枝、柴田朋子、西山智明、重信秀治、鈴木穣、菅野純夫、長谷部光泰、小林一三
    DNAメチル化系の認識配列変換によるメチローム多様化：種内複数株でのメチローム解読からの証拠
    日本進化学会第15回大会、3A-13、茨城、2013年8月30日、口頭発表

  14. 古田芳一、小林一三
    DNA配列認識ドメインの非オーソロガス遺伝子間の移動
    第86回日本細菌学会総会、PB-211、千葉、2013年3月18日、ポスター発表

  15. 古田芳一、小林一三
    DNA配列認識ドメインの非オーソロガス遺伝子間の移動
    第7回日本ゲノム微生物学会年会、1P-23、滋賀、2013年3月8日、ポスター発表

  16. 古田芳一、小林一三
    DNA配列認識ドメインの非オーソロガス遺伝子間の移動
    第35回日本分子生物学会年会、1P-0079、福岡、2012年12月11日、ポスター発表

  17. 古田芳一、小林一三
    ピロリ菌CagA発がんタンパクのDNA組換えによる進化
    第18回日本ヘリコバクター学会学術集会、S6-5、岡山、2012年6月30日、口頭発表

  18. 古田芳一、矢原耕史、畠山昌則、小林一三
    ピロリ菌cagA癌遺伝子の組換えによる進化
    第85回日本細菌学会総会、P2-167、長崎、2012年3月29日、ポスター発表

  19. 古田芳一、矢原耕史、畠山昌則、小林一三
    ピロリ菌cagA癌遺伝子の組換えによる進化
    第6回日本ゲノム微生物学会年会、O-1、1P-3、東京、2012年3月10日、口頭・ポスター発表

  20. 古田芳一、矢原耕史、畠山昌則、小林一三
    ピロリ菌cagA癌遺伝子の組換えによる進化：様々な組換え機構の関与と、アメリンド型を経ての東アジア型EPIYA (ABD)の出現
    第34回日本分子生物学会年会、2P-0684、神奈川、2011年12月14日、ポスター発表

  21. 古田芳一、河合幹彦、内山郁夫、小林一三
    遺伝子内ドメイン移動
    日本遺伝学会第83回大会、2B-06、京都、2011年9月21日、口頭発表

  22. 古田芳一、河合幹彦、内山郁夫、小林一三
    遺伝子内ドメイン移動
    日本進化学会第13 回大会、O-E19、京都、2011年7月31日、口頭発表

  23. 古田芳一、小林一三
    ピロリ菌エピジェネティックス遺伝子の東西比較から発見された「遺伝子内ドメイン移動によるタンパク多様化」
    第17回日本ヘリコバクター学会学術集会、S2-2、富山、2011年6月24日、口頭発表・ポスター発表

  24. 古田芳一、河合幹彦、矢原耕史、高橋規子、半田直史、鶴剛史、大島健志朗、吉田優、東健、服部正平、内山郁夫、小林一三
    ゲノムDNAの逆位に伴った遺伝子の重複と崩壊
    日本農芸化学会2011年度大会、2C28s09、京都、2011年3月26日、口頭発表

  25. 古田芳一、河合幹彦、内山郁夫、小林一三
    遺伝子内ドメイン移動
    第5回日本ゲノム微生物学会年会、O-36・P-027、宮城、2011年3月16日、口頭発表・ポスター発表

  26. 河合幹彦、古田芳一、矢原耕史、鶴剛史、高橋規子、半田直史、大島健志朗、服部正平、吉田優、東健、内山郁夫、小林一三
    ピロリ菌１０株のゲノム比較によるゲノム再編の検出
    第12回日本進化学会大会、OP4-8、東京、2010年8月4日、口頭発表

  27. 古田芳一、東健、小林一三
    ピロリ菌１０株のゲノム比較解析
    第16回日本ヘリコバクター学会学術集会、P1-2、京都、2010年6月24日、ポスター発表

  28. 河合幹彦、古田芳一、鶴剛史、半田直史、小林一三
    ピロリ菌10株のゲノム比較によるゲノム再編の検出
    第83回日本細菌学会、P2-001、神奈川、2010年3月29日、ポスター発表

  29. 河合幹彦、矢原耕史、古田芳一、鶴剛史、半田直史、高橋規子、大島健志朗、服部正平、吉田優、東健、内山郁夫、小林一三
    ピロリ菌10株のゲノム比較によるゲノム再編の検出
    第4回ゲノム微生物学会年会、P-021、福岡、2010年3月8日、ポスター発表

  30. 古田芳一、河合幹彦、矢原耕史、大島健志朗、高橋規子、半田直史、吉田優、東健、服部正平、内山郁夫、小林一三
    ピロリ菌10株のゲノム比較によるゲノム再編の検出
    第32回日本分子生物学会年会、2P-0012、神奈川、2009年12月10日、ポスター発表

  31. 古田芳一、阿部健太郎、小林一三
    「動く遺伝子」としての制限修飾系：ゲノム比較解析による制限修飾系の関与するゲノム再編の探索
    日本遺伝学会第81回大会、3A-11、長野、2009年9月18日、口頭発表

  32. 古田芳一、阿部健太郎、河合幹彦、小林一三
    ゲノム比較解析による制限修飾系の関与するゲノム再編の探索
    第11回日本進化学会大会、W1A-4、北海道、2009年9月3日、口頭発表

  33. 古田芳一、鶴剛史、半田直史、小林一三
    ゲノム中で自己増幅した制限修飾遺伝子とそれに連鎖した遺伝子の発現量の増加
    2008年度日本農芸化学会大会、2A23a06、愛知、2008年3月27日、口頭発表

研究会・若手の会・ランチョンセミナーなど

  1. Yoshikazu Furuta
    Discovery of Small RNAs Regulated by Bacillus anthracis Master Virulence Regulator AtxA
    The 8th Meeting of the Consortium for the Control of Zoonoses, Research Center for Zoonosis Control, Hokkaido University, Sapporo, Oct 23rd, 2020, (oral)

  2. 古田芳一
    ゲノム欠失による炭疽菌のバシトラシン耐性の変化
    北海道大学共同利用・共同研究拠点アライアンス　部局横断シンポジウム「計算科学が拓く汎分野研究」、北海道大学、北海道、2019年10月31日、ポスター発表

  3. 古田芳一
    人獣共通感染症としての炭疽
    北海道大学人獣共通感染症リサーチセンター市民公開講座「感染症の克服に向けて」、北海道大学、北海道、2019年10月6日、口頭発表

  4. 古田芳一
    MinIONを用いたバクテリアの修飾塩基解析
    Nanopore Day Symposium, Tokyo、日本橋ライフサイエンスビルディング、東京、2019年8月22日、招待講演

  5. 古田芳一、播磨勇人、伊藤絵美子、丸山史人、大⻄なおみ、大崎研、小川寛人、David Squarre、Bernard M. Hang'ombe、東秀明
    ゲノム欠失による炭疽菌のバシトラシン耐性の変化
    第4回北海道大学部局横断シンポジウム、P-35、北海道大学、北海道、2019年1月25日、ポスター発表

  6. Yoshikazu Furuta
    Large genomic deletion conferring bacitracin susceptibility on Bacillus anthracis
    The 6th Sapporo Summer Symposium for One Health (SaSSOH)、PII-32、北海道大学、北海道、2018年9月21日、ポスター発表

  7. 古田芳一
    バクテリアの進化とゲノム・エピゲノム
    ezoゼミ、北海道大学環境科学院、北海道、2018年2月16日、招待講演

  8. Yoshikazu Furuta
    Whole genome epidemiology of pathogenic bacteria: Diversity of Bacillus anthracis in Zambia
    Second Lecture Series on One Health, Research Center for Zoonosis Control, Hokkaido University, Sapporo, Aug 2nd, 2017, (oral)

  9. 古田芳一
    ゲノムから読み解くバクテリアの世界
    やさしい科学技術セミナー、私立西大和学園高等学校、奈良、2017年7月22日、出張講義

  10. Yoshikazu Furuta
    Understanding evolution of Bacillus anthracis by genome comparison analysis
    The 5th Meeting of the Consortium for the Control of Zoonoses, Research Center for Zoonosis Control, Hokkaido University, Sapporo, Jul 6th, 2017, (oral)

  11. 古田芳一
    メチローム多様化によるバクテリアの進化とその生物工学的応用
    学友会セミナー、国立感染症研究所、東京、2016年4月7日、口頭発表

  12. 古田芳一
    メチローム多様化によるバクテリアの進化とその生物工学的応用
    第19回杏林医学会例会、杏林大学、東京、2016年4月5日、口頭発表

  13. 古田芳一、南波宏枝、柴田朋子、西山智明、重信秀治、鈴木穣、菅野純夫、長谷部光泰、小林一三
    PacBioシークエンサーを用いたピロリ菌メチローム比較解析
    第8回日本ゲノム微生物学会年会、ランチョンセミナー2（トミーデジタルバイオロジー株式会社共催）、東京、2014年3月9日、口頭発表

  14. 古田芳一
    オーミクス比較解析によるピロリ菌のゲノム進化メカニズムの解析
    微生物化学研究所セミナー、東京、2013年12月9日、口頭発表

  15. 古田芳一、南波宏枝、柴田朋子、西山智明、重信秀治、鈴木穣、菅野純夫、長谷部光泰、小林一三
    PacBio RSを用いたピロリ菌メチロームの種内比較解析
    NGS現場の会第三回研究会、5-11-B、兵庫、2013年9月4、5日、ポスター発表

  16. 古田芳一
    DNA配列認識ドメインの非オーソロガス遺伝子間の移動
    第6回日本ゲノム微生物学会若手の会研究会、静岡、2012年9月27日、口頭発表

  17. 古田芳一
    ピロリ菌日本株の全ゲノム比較解析から見る発癌細菌の適応進化メカニズム
    岡山大学 第368回 生物科学セミナー、岡山、2012年6月28日、口頭発表

  18. 古田芳一
    遺伝子内ドメイン移動(DoMo)によるタンパク質多様化の新しいしくみ
    NGS現場の会第二回研究会、M50、大阪、2012年5月24日、ポスター発表

  19. 古田芳一、矢原耕史、畠山昌則、小林一三
    ピロリ菌cagA癌遺伝子の組換えによる進化
    平成24年度医科学研究所研究発表会、P55、東京、2012年6月1日、ポスター発表

  20. 古田 芳一、河合 幹彦、内山 郁夫、小林 一三
    遺伝子内ドメイン移動(DoMo)：タンパク質多様化の新しいしくみ
    生命情報若手の会・第3回研究会、愛知、2011年10月15日、口頭発表・ポスター発表

  21. 古田芳一、河合幹彦、矢原耕史、高橋規子、半田直史、鶴剛史、大島健志朗、吉田優、東健、服部正平、内山郁夫、小林一三
    ピロリ菌ゲノム比較解析から発見された二つの新しいゲノム再編メカニズム
    第94回日本細菌学会関東支部総会、一般演題05、東京、2011年10月6日、口頭発表

  22. 古田芳一、河合幹彦、内山郁夫、小林一三
    遺伝子内ドメイン移動(DoMo)：タンパク質多様化の新しいしくみ
    第5回ゲノム微生物学会若手の会研究会、演題25、静岡、2011年9月30日、口頭発表

  23. Yoshikazu Furuta
    Birth and death of genes linked to chromosomal inversion
    Young Researchers Conference on Evolutionary Genomics, August 1st 2011, Tokyo, Japan (poster)

  24. 古田芳一、河合幹彦、矢原耕史、高橋規子、半田直史、鶴剛史、大島健志朗、吉田優、東健、服部正平、内山郁夫、小林一三
    ゲノム再編：二つの新機構のゲノム比較からの発見
    第11回東京大学生命科学シンポジウム、東京、2011年6月4日、ポスター発表

  25. 河合幹彦、古田芳一、矢原耕史、高橋規子、半田直史、鶴剛史、大島健志朗、吉田優、東健、服部正平、内山郁夫、小林一三
    ピロリ菌日本株ゲノム：発ガン細菌の素顔
    第11回東京大学生命科学シンポジウム、東京、2011年6月4日、ポスター発表

  26. 古田芳一、河合幹彦、矢原耕史、高橋規子、半田直史、鶴剛史、大島健志朗、吉田優、東健、服部正平、内山郁夫、小林一三
    ゲノムDNAの逆位に伴った遺伝子の重複と崩壊：ピロリ菌ゲノム比較から発見された新たなゲノム進化機構
    平成23年度医科学研究会発表会、P17、東京、2011年6月1日、ポスター発表

  27. 河合幹彦、矢原耕史、古田芳一、鶴剛史、半田直史、高橋規子、大島健志朗、服部正平、吉田優、東健、内山郁夫、小林一三
    発ガン細菌ピロリ菌日本株：ゲノムから見た特徴
    平成23年度医科学研究会発表会、P16、東京、2011年6月1日、ポスター発表

  28. 古田芳一、河合幹彦、矢原耕史、高橋規子、半田直史、鶴剛史、大島健志朗、吉田優、東健、服部正平、内山郁夫、小林一三
    遺伝子の誕生と崩壊を伴うゲノム逆位
    NGS現場の会第一回研究会、P-99、静岡、2011年5月29日、ポスター発表

  29. 古田芳一、河合幹彦、矢原耕史、高橋規子、半田直史、鶴剛史、大島健志朗、吉田優、東健、服部正平、内山郁夫、小林一三
    ピロリ菌ゲノム比較にて検出された遺伝子重複を伴う逆位
    第4回ゲノム微生物学会若手の会研究会、演題6、兵庫、2010年10月1日、口頭発表

  30. 河合幹彦、矢原耕史、古田芳一、鶴剛史、半田直史、高橋規子、大島健志朗、服部正平、吉田優、東健、内山郁夫、小林一三
    ピロリ菌日本株4株のゲノム解読と種内比較
    平成22年度医科学研究所研究成果発表会、P16、東京、2010年6月1日、ポスター発表

  31. 古田芳一、阿部健太郎、小林一三
    「動く遺伝子」としての制限修飾系：ゲノム比較解析による制限修飾系の関与するゲノム再編の探索
    第20回DNA複製・組換え・修復ワークショップ、滋賀、2009年11月2日、口頭発表